1901년 선교사 새뮤얼 어스틴 모펫(Samuel Austin Moffet, 한국명 마포삼열)이 평양에서 방기창, 김종섭 등 2명의 학생을 데리고 발족한 대한예수교장로회신학교를 모체로 한다. 교훈은 경건과 학문이다. 1907년 7명의 제1회 졸업생을 배출하고, 계속 목회자를 양성하던 중 1938년 신사참배 거부로 폐교되었다.

1952년 대한예수교장로회신학교로 설립인가를 받았고, 교사(校舍)를 신축하는 과정에서 사기사건을 당한 후 책임을 묻는 과정에서 2파로 나뉘어 다른 한 파는 사당동에 교사를 짓고, 1959년 옛 이름 그대로인 총회신학교(지금의 총신대학교)로 분리 개교하여 나갔다.

장로회신학대학교는 1960년 현재의 위치에 교사를 신축·이전하였으며, 1961년 대한예수교장로회신학대학으로 승격하였다. 1966년에는 대학원을 설립하였고 1973년 장로회신학대학으로 교명을 변경하였다가 1993년 현재의 교명으로 개칭하였다.

2003년 현재 7개 대학원, 3개 학과로 구성되어 있다. 부속기관으로 출판부·생활관·신학춘추·방송국·학생생활상담소가 있으며, 부설 연구기관으로 성서학연구원·기독교교육연구원·역사와 신학연구원·세계선교연구원·교회와 음악연구원·성지연구원이 있다. 서울특별시 광진구 광장동 353번지에 있다.